NetBeans 6.0Beta1の標準入力

6.0になって仕様が変わったのかバグなのかわからないのですが、、、
このようなプログラムを実行すると

    public static void main(String[] args) {
        Scanner scanner = new Scanner(System.in);
        String patternString = null;
        String sequence = null;
        System.out.println("input pattern and sqeuance: ");
        if (scanner.hasNext()) {
            patternString = scanner.next();
        }
        if (scanner.hasNext()) {
            sequence = scanner.nextLine();
        }
       (略)
    }

NetBeans5.5のときはこのように入力用の小さなウィンドウが開いたのですが、

NetBeans6.0Beta1は開きません。Outputウィンドウにこのように入力できるので、

プログラムを実行するのに支障はありませんが、入力も兼ねているならOutputウィンドウという名前が不似合いだなぁと思いました。
加えてNetBeans6.0の国際化はまだこれからのようで、日本語を入力したら、そこでもう固まってしまって進まなくなってしまいました。×ボタンをクリックすれば強制終了できますが、その後はアルファベットすら入力できません。
エディタには日本語を入力できるので入力の問題はいずれ修正されると思いますが、Inputウィンドウはあった方がわかりやすくていいような気がしました。