NetBeansの困った動作

なぜかわからないのですが、NetBeansは同じ名前のプロパティファイルがプロジェクトに追加したJarアーカイブの中とソースツリーの中にあると、ソースツリーの方を使っしまうようです。ソースツリーはプロジェクトに追加したというわけではなく、jarアーカイブ経由で参照されているもの(のはず)。JRuby 1.5.0からは、jruby.propertiesファイルはant buildで自動生成されるようになったので、同じ名前でもソースツリーの方はテンプレート、ビルドしたjarアーカイブの中に入っているのはちゃんと出来上がっているプロパティファイルなんです。Jarアーカイブを展開して調べてみても、やっぱりjruby.propertiesはちゃんとできています。単にJavaプロジェクトを作って、jruby.jarを追加しただけなのですが、、、JRubyのAPIを使うプログラムを実行しようとすると、なぜかNetBeansはなぜかソースツリーの中にあるテンプレートのjruby.propertiesを使ってしまう、、、で、例外が発生する、、、う〜ん。ホームディレクトリの .netbeansをまるごと削除して、NetBeansProjectsをrenameして、ゼロの状態から初めても同じだし。ただただ、例外が発生するのみ、、、

やむを得ず、環境をEclipseに移行しました。ぜんぜんデバッグできないし、Eclipseにはこの問題はないので。Eclipseは手でソースツリーを追加する作業が必要で、NetBeansのように自動的に見にいくようにはなっていないんですね。でも、ソースツリーを見にいけるように設定した後でも、プロパティファイルはちゃんと、jarアーカイブの中のものを見てくれました、Eclipseの場合。

NetBeansのこの困った動作、どうやって回避するのでしょうね？とりあえず、NetBeans Forum に投げてみた(http://forums.netbeans.org/viewtopic.php?t=21735)ので、何かの回答が得られるのを期待。(FAQのような気もするのですが、見つけられなかった)